Морские свинки даже в домашних условиях могут страдать от блох, клещей, вшей, власоедов и других насекомых или организмов. Все эти паразиты делятся на два вида: эндопаразиты (внутренние) и эктопаразиты (наружные). Эндопаразиты обитают во внутренних органах и постепенно разрушают их. Эктопаразиты обитают на коже и в шерстке. Если животное содержится в чистоте и употребляет корм хорошего качества, то вероятность того, что в его организм попадут паразиты, относительно невелика. Наиболее известные среди эндопаразитов - глисты, ленточные черви и печеночные двуустки. Их можно определить по тому, что животное постепенно теряет вес, тогда как получает достаточно пищи, а также можно заметить в экскрементах грызуна.

Глисты - опасные эндопаразиты, поглощающие большое количество питательных веществ, выделяя при этом токсины. Из-за этого появляется сильное отравление внутренней микрофлоры. В организм морской свинки они попадают при кормлении некачественной пищей или в случае контакта с больным животным. Если в экскрементах грызуна есть личинки глистов, то свинку следует как можно скорее отвезти к ветеринару, потому что эти паразиты опасны и для людей.

К эктопаразитам относятся блохи, клещи, пухоеды, а у морских свинок, живущих не в домашних условиях, встречаются и кровососущие клещи. Пораженные этими паразитами животные часто чешутся, встряхиваются, неспокойно ведут себя. На коже появляются покраснения, шелушения, раздражения и плеши, которые доставляют животным неприятности. При более развитой стадии заражения могут появиться аллергические экземы или гноящиеся раны, легко поддающиеся бактериальному заражению.

Поражение клещами нередко становится причиной смерти морской свинки. Кроме клещей, у морских свинок могут появиться власоеды - очень мелкие (длиной 1 мм), подвижные паразиты в шерсти грызунов. Пьют кровь и питаются чешуйками кожи. При заражении эктопаразитами морских свинок следует купать в растворе бромоциклена или другого специального средства. Используют также аэрозоли, спреи, тальки и шампуни для борьбы с паразитами.